Bestyrelsen er den øverste myndighed på kollegiet. Egmont H. Petersens Kollegium er en erhvervsdrivende fond. Bestyrelsen består af 8 medlemmer. 4 af medlemmerne er valgt af og blandt kollegianerne ved skriftlig afstemning (juniorbestyrelsen), 2 medlemmer udpeges af rektor ved Københavns Universitet og 2 af Bestyrelsen for Egmont Fonden (seniorbestyrelsen). Medlemmer af juniorbestyrelsen er pr. 2013 identiske med medlemmer valgt til forretningsudvalget.
Kollegiets bestyrelse træffer, efter indstilling fra den daglige ledelse, afgørelse i principielle spørgsmål vedrørende kollegiets indretning og drift. Den tager stilling til de af den daglige ledelse udarbejdede budgetter, regnskaber og husorden og påser, at fundatsen overholdes, herunder at kollegiets standard opretholdes, og at tilstrækkelige henlæggelser til afskrivning og vedligeholdelse foretages. 

Egmont H. Petersens kollegium Fond

Fondens bestyrelse består af 8 medlemmer. Fondens bestyrelse har de opgaver, som følger af lov om erhvervsdrivende fonde.

Udpeget af bestyrelsen for Egmont Fonden

Bestyrelsesformand, Dorte Salskov-Iversen, head of department of Management, Society and Communication, CBS, ph.d.

Analysechef Heidi Sørensen Egmont koncernen

Udpeget af rektor ved Københavns Universitet

Næstformand, Lektor, Ph.D. Poul Georg Hjorth, DTU

Professor Rasmus Kristian Feldthusen, Det juridiske fakultet, KU

4 medlemmer af bestyrelsen vælges af og blandt kollegianerne.

Valgt for 2022:

Sille Amalie Andersen

Peter Rasmussen

Jens Kristian Stenstrup

Simon Thaysen

1. supp. Mathias Antonsen